martes, abril 17, 2007

Chascarros filogeneticos

Hoy en dia, nature, science or PNas, publican de repente cada wevá...Bueno, eso lo sabemos todos. Tambien publican excelentes trabajos, esenciales. Pese a ello, es incuestionable que está sobrevalorada la publicación en estos journals de alta distribución, en términos de la asignación de los recursos, por ejemplo.
También existe recompensa en estos journals al trabajo "de gran esfuerzo empiricista". Ejemplo: filogenias realizadas con una gran cantidad de genes. Sin duda, aumentar el numero de genes es aumentar información. Pero sirve, realmente, si el muestreo taxonómico presenta insuficiencias que puedan afectar drásticamente su intepretación?

Por ejemplo, un trabajo reciente utilizando muchos genes diferentes concluyó que los urocordados, y no los cefalocordados, son los más cercanos a los vertebrados, lo que fue procalamado trompetas al viento, con especulaciones sobre la cresta neural incluidas...y nadie se percató que en el nuevo arreglo, los cefalocordados son grupo hermano de los equinodermos...algo jamás escuchado en años de estudios de filogenia morfológica y molecular de los deuterostomados. No había conflicto morfológico- molecular. Los hemicordados son el grupo más cercano a los equinodermos y juntos son el grupo hermano de los cordados.
... y es que resulta que en ese trabajo, sencillamente, "no se incluyó" a los hemicordados. Claro, cada taxon esta representado por muchísimos genes, pero sin incluir formas clave en la comparación, la interpretación de los datos puede variar drasticamente. No me tiembla el dedo en denunciar que este estudio es incompleto y lejos de ser concluyente.

Tambien un science de Sean Carroll donde hicieron una filogenia de muchos phyla con una cantidad impresionate de genes en cada uno (unos 40 genes, por ahi). Obtuvieron una politomía. Lo que han sugerido es que se trata de una politomía natural debido a un periodo de especiación muy rápida en el cámbrico (insuflándole algo más de oxígeno a la cada vez menos rudiosa "explosión" cámbrica)
Ante tan linda interpretación, quien soy yo para poner en duda, ejem, que no hicieron su mejor esfuerzo por resolver la politomía (que puede ser nada mas que un artefacto) Si de resolverla se trata, si uno hace una filogenia con rasgos morfologicos, obtiene clasificaciones claras ahi donde las miriadas de genes de Sean carroll sólo ven politomias. Más aún, hipotésis clásicas de la morfología, dan consistentes con los análisis del gen risbosomal 18s hechos sobre un buen muestreo taxonomico.

Y es que ahí está el punto nuevamente. El muestreo taxonomico de Carroll es "bueno". El problema es que los pocos ausentes son clave. Dejaron fuera a los Quetognatos. Hasta donde podemos avanzar si dejamos fuera del estudio al phylum animal más intermedio entre deuterostomo y protostomo? Y qué pasa con los ctenoforos, una especie de eternamente barridos bajo de la alfombra? acaso nadie se ha percatado que hay analisis morfológicos que los sitúan como grupo hermano de los bilaterales? simplemente ausentes del análisis de Carroll.

Hay chascarros mucho más penosos... por ejemplo, a la publicación de un estudio molecuar en PNAS que los peces cartilaginosos descienden de los teleosteos...

Así se "publica bien" , muchachos

Dr Sander

1 comentario:

sander dijo...

jajaja ta muy bueno el dibujito