martes, julio 10, 2007

Dinoaves a defender el ADN chatarra


El último bodrio es que hoy por hoy está de moda cantar ni más ni menos que la muerte del "DNA chattarra": Sí, como lo oyen. El descubrimento de nuevas funciones en el DNA no codificante parece suficiente como para que gente como John Greally, escritor de la sección "news & views", de nature, dijese "It would be a very brave person who would call it junk at this stage".
Abróchense los cinturones chiquillos: se viene el adaptacionismo molecular. Una especulación adaptacionistas para cada sustitución nucleotídica. Que digo, para cada inserto retroviral, trasposon, y uds saben....ese 50% de todo el genoma humano que son los elementos repetidos.
Digo, estos mermes nacieron ayer o qué? Si podemos hacer relojes moleculares, es porque la acumulaciónn de mutaciones es estocástica. Se sabe que la tasa de mutación es demasiado alta como para que cada sustitución sea una adaptación. Pensar que no existe el dna chatarra sólo se puede hacer mediante negar hechos bien establecidos.
Entre estos hechos está la gran variabilidad que pueden presentar el tamaño de los genomas de distintas especies, con especies de genomas gigantescos, como l las salamandras, peces pulmonados, o miembros del genero Allium, como la cebolla. Y luego hay formas en las que el genoma se ha reducido drásticamente de tamaño, como en el caso del pez fugu. Un caso bastante pulentito es el de la evolución de dinosaurios a aves. Resulta que el tamaño del genoma a través de distintas especies se muestra porporcional al tamaño de ciertos tipos celulares, y eso incluye los osteocitos, cuyo tamaño puede apreciarse en el tejido óseo. Con esto se pudo confimar que en los dinosaurios depredadores ocurrió una reducción en el tamaño del genoma, a aproximadamente la mitad, y que las aves han heredado esta condición. De paso mencionar que la reducción del tamaño del genoma ocurrió mucho antes de la evolución del vuelo.
Ahora que nos venga a explicar John Greally que ese 50% perdido era todo funcional, o que las Allium están ganando función como locas.

Organ, C.L., Shedlock, A.M., Meade, A., Pagel, M., and Edwards, S.V. (2007) Origin of avian genome size and structure in non-avian dinosaurs. Nature 446:180-184.

-Sanderkatz

42 comentarios:

Emilio Cervantes dijo...

Buenas tardes, buen tema de debate,

Primero una puntualización de especialista. El genoma de Arabidopsis no es gigantesco sino más bien chiquitajo (Aprox. 125000 Kb si mal no recuerdo). Es una de las razones por las que se eligió como modelo.

Luego una apreciación lingüistica, o sea tirando a pedante. El utilizar palabras despectivas para referirse a algo no es bonito. Si ese algo es desconocido pues peor, porque da la impresión de que despreciamos lo que no conocemos, o que pensamos que sólo lo conocido, lo "nuestro" es lo bueno, lo cual es penoso.

Por lo tanto, el recular en la denominación de junk DNA me parece acertado. Es decir, es también una buena ocasión para aquel que tenga posibilidad de publicar en una buena revista, suelte la pluma a contar todas las maravillas del DNA que erróneamente llamabamos basura.
Hay otra cuestión que me inquieta más filosóficamente. En la vida, las paradojas abundan y sospecho que Borges disfrutaría con estas cosas que estamos viendo. ¿Acaso no hay mayor utilidad que la que reside en lo que no tiene ninguna utilidad?, es decir en el discutir temas en proundidad hasta el aburrimiento, en la filosofía, y todas estas cosas que nos van a tener ocupados unos añitos.

Si que creo que Arabidopsis tiene un gran potencial de cambio. Entre otras cosas reside en su simplicidad y en su DNA chatarra, con perdón.

Sanders dijo...

Corregido ,me confundí estaba pensando en otras plantitas del genero Allium, allium ursinum, por ejemplo tiene 31.5 pg. Compárese con los 3.1 pg del genoma humano

Sanders dijo...

Junk no significa basura. Garbage quizás, pero no Junk.

Y mucho de ese DNA NO es funcional, la gran mayoría, por lo cual no es "erróneamente" considerado JUnk, por mucho que hayan partes funcionales la evidencia de que la mayoria no tiene efecto ya está consolidada.

Sanders dijo...

simplemente no se sigue del descubrimiento de los microRNA's u otras formas funcionales de DNA codificante impliquen que todo el DNA no-codificante es funcional. Ya sabemos que la mayoría no lo es, y reconocerlo no significa, tampoco, que el dna codificante NO pueda ser funcional. Eso tampoco tendría lógica. cierto?

Sanders dijo...

Oooop error me faltó un par de NO's jaja

"simplemente no se sigue del descubrimiento de los microRNA's u otras formas funcionales de DNA NO-codificante impliquen que todo el DNA no-codificante es funcional. Ya sabemos que la mayoría no lo es, y reconocerlo no significa, tampoco, que el dna NO-codificante NO pueda ser funcional. Eso tampoco tendría lógica. cierto?"

Emilio Cervantes dijo...

Claro que no es funcional. Pero:....un momento:

¿el estar en espera de una posible función, es funcional?

oNO
oSI
oDEPENDE

Tachese lo que convenga

Otra cosa:

¿quién y cómo se consolida cosa tal como el que algo no sirva?
Mutagénesis no vale.

A mi me encanta buscar en las basuras y tengo la casa hasta arriba de objetos que no servían.

Finalmente y más general:

lo que hoy sirve, todo ello, fué un día no funcional.

Tocaste hoy un tema fuerte. Ánimo con ello........;)

Sanders dijo...

Tampoco es todo funcional en el dna condificante, ni tampoco en el fenotipo.
Claro, puede llegar a tener función, pero eso no siginifca que "su función es algún día tener función" jajaja. Bueno por lo menos, la posible función futura no tiene nada que ver con el origen del dna chatarra..ni con su perdida, que podemos decir que pasa sin mayor pena ni gloria, si haber cumplido jamás una función, Por eso no conviene hacerse el suecol con los casos de reducción drástica del genoma, como el de las aves. y sí no hay ninguna correlación entre tener más o menos dna codificante y el cambio orgánico, cosa que es es consistente con lo que sabemos sobre la neutralidad o falta de efecto de la mayoría.
Y porqué la tasa de mutación no vale? así porque sí nomás?

Sanders dijo...

La tasa de mutación es muy alta, mucho mayor de lo que se imaginaron los neodarwinistas ( como Morgan por ejemplo, que creóia en la gran homogeneidad genética) . Te avdierto!! vas a verte en SERIOS apuros si a cada mutación tratas de encontrarle función

Sanders dijo...

MIra Emilio, los datos son bien elocuentes, pero de todas formas es bueno mostrar como además, no se contradicen con ninguna argumentación filosófica. Voy a destacar esta idea que tienes, que va en la dirección correcta:

"Lo que hoy sirve, todo ello, fué un día no funcional"

Es correcto. Si todo el dna fuera funcional, no podría evolucionar. Estaría muy restringido. Y ojo que estoy hablando de DNA codificante también, y también esto se aplica a los rasgos fenotípicos. Los rasgos no funcionales son de gran importnacia adaptativa, y sin duda lo que tanto dna chatara demuestra es que tales rasgos no funcionales, a nivel molecular, no escasean, al contrario, son la mayoría. No importa que algo pueda legar a tener una nueva función: es indipensable que en algún momento no la tenga.

Pero si argumentas que todo ese dna es funcional, el potencial evolutivo de ese DNA se te va al cuerno. No sólo eso, te pones al borde de una ideología panadaptacionista, trampa en la que caen muchos filósofos, como Dennet y Ruse. Supongo que desde un punto de vista filosófico puro, hace mucho sentido pensar que a lo mejor siempre siempre se nos escapa la función, que podría ser evidente en el contexto de saturno por ejemplo, pese a que no odamos observar ninguna actual. Pero del punto de vista de la biología, es muy sencillo. Si tu alteras o eliminas un rasgo a un organismo en la fracción del ambiente que constituye su nicho, y ves que elorganismo sigue adaptado y capaz de cerrar su ciclo de vida, entonces sabemos que bajo esas condiones, el rasgo alterado está fuera de función.
Un ejemplo es cuando al sacar un gen no tienes ningún efecto fenotípico, cosa muy común.

El SALIR de función tambien es particularmente interesante y bien documentado a todos los niveles , como para que lo vayas incluyendo en tu esquema.

En resumen: Para poder aceptar la relevancia evolutiva del DNA no codificante lo peor que se puede hacer es condenarlo todo a ser funcional.

Sanders dijo...

ooops error de nuevo dice
"Los rasgos no funcionales son de gran importancia adaptativa"

debería decir

"Los rasgos no funcionales son de gran importnacia EVOLUTIVA"

ahí sí!!

Emilio Cervantes dijo...

El concepto funcional que antiguamente podría entrar en cualquier terreno (a una planta podrían atribuírsele p.e funciones curativas o de otro tipo por tradición) hoy adquiere su pleno sentido desde un punto de vista experimental porque experimentalmente puedes demostrar la función de algo. Si no es así, funcional es otra cosa, más bien una suposición.

Entonces claro que me veré en problemas para encontrar una función a cada mutación. No pretendo eso, pero tampoco veré como algo experimentalmente demostrado lo contrario, es decir que la "mutación natural"sea algo "neutral" o sin función.
No pretendo demostrar experimentalmente que toda mutación sea funcional, pero tampoco veo clara la demostración de lo contrario y siempre es el experimentador el que tiene que demostrar sus hipótesis.

Experimentalmente el objetivo es probar que algo tiene función y no que no la tiene. Porque si las condiciones del experimento las ponemos nosotros, la conclusión sólo se referirá a dichas condiciones. Será: Tal secuencia es (o no es) funcional en estas condiciones. Aquí hay otro problema: Las condiciones en la naturaleza son cambiantes y más variadas. Ahí no podremos saber si la conclusión es válida.

Tal y como yo entiendo, la teoría neutralista viene a decir, como dices, "que la tasa de mutación es demasiado alta como para que cada sustitución sea una adaptación". ahora bien, esta tasa de mutación alta y estocástica: ¿se refiere más bien a zonas variables de genes codificantes? u ¿ocurre en todo el genoma?. Es fuerte afirmar lo segundo; el genoma es grande.

Una reducción brutal del genoma no significa que lo que se pierda fuese no funcional antes.
Hay más cosas pero quedan para otro rato (Genomas muy variables acompañan a la loca taxonomía de helechos, toda la nomenclatura de los genes se basa en un criterio experimental reducionista y miope,......). A mi entender la clave está en entender el alcance de la experimentación y su significado.

Seguirem,....

Sanders dijo...

osea tienes un problema con la experimentación en general en la biología????

Sanders dijo...

Muchas cosas en evolución no se demuestran "experimentalmente", si con esto te refieres al tipo de observaciones que se realizan sólo con mesón y delantal de laboratorio. La nocion de "experimento" es demasiado angosta y se tiende a sacralizar y mal, porque en la historia natural los hechos se demuestran más allá de la duda razonable sin que podamos decir que la solución haya sido experimetal, sino después de reunir un conjunto de observaciones diferentes. Por ejemplo, nadie puede decir que el hecho de que existió un supercontinente gondwana es una conclusión "experimental". Y alguien tiene ganas de negarlo por eso?

De manera similar, el neutralismo molecular no es algo que tenga mucho sentido o no etiquetar como "experimental" ya que es el resultado de muchas observaciones distintas y comparativas también.

La tasa de mutación no es lo único que te va dar problemas, porque también la cantidad de transposones, elementos repetidos es tal, tantas copias por secuencia, que pensar que todas son funcionales es absurdo. Recuerdas que mencioné que el 50% del genoma son elementos repetidos. Existe un trasposoncito en el genoma humano de alrededor de 200 pares de bases que está repetido más de 1.2 millones de veces, constituyendo aproximadamente el 13% de todo el genoma humano. La MISMA secuencia. Este dato te deja frío también? Tienes el mismo problema que con la mutación, pero a una escala más grande si te gusta (no de mutaciones puntuales) y con dna no-codificante, si eso era lo que querías: Son tantos los trasposones que encontrarles funcion a cada uno se evidencia como un absurdo.

Emilio Cervantes dijo...

De acuerdo, hay dos cosas que, de momento, es decir, antes de entrar en materia con las dinoaves de las que todavía no hemos hablado se me ocurren:

1. Cuando surgen las dudas acerca de los planteamientos evolutivos y el inconveniente de que no son experimentales, la llamada en acción a la Geología es obvia. La Deriva Continental es una Teoría científica por excelencia (?) y no puede ser demostrada experimentalmente en sentido estricto (!). Es cierto y hay qe reconocerlo. Como dices, la acumulación de evidencias no experimentales (o indirectas) es tal que no se puede negar.

Yo creo que esta Teoría fue la madre del concepto actual de evolución orgánica, porque si la Tierra ha evolucionado y los Continentes han cambiado y esto esta probado (no experimentalmente), adelante con teorías evolutivas. Quiten el freno de los prudentes paleontólogos y empiecen a hacer hipótesis. Pero hay ahí un problemilla: la Biología es más experimental que la Geología y siendo así, los datos importantes proceden de los experimentos, con todo lo que esto significa; que, en evolución, diría yo ser poco.
Ante la menor duda, experimentación.

La fuerza de la argumentación en Biologia procede del experimento.

Si la experimentación está sacralizada o no no es algo de chiste. Galileo se enfrentó con la Iglesia, algo tendrían en común porque si no hay elementos comunes no hay confrontación. Este tema no es para obviarlo o decir, jaja, experimentacion sacralizada que incoherencia, algo de eso debe de haber.

2. La otra cosilla de momento. Vuelta a la función. Un transposón desde que existe como tal tiene su estructura, eso es seguro. Pero por qué no le concedemos también su funcioncilla?. aunque sea estar ahí o esperar a ver si hay ocasíón de hacer algo?. Por que no admitir que puede haber millones de funciones desconocidas en los mínimos rincones del genoma.

El primer punto me quedó lioso, confuso. lo siento pero no lo borro, eche en él la tarde y creo que hay que pulir cosas de él pero no pasarlas por alto. El segundo es más directo, va más al grano.

Un saludo,

Sanders dijo...

En primer lugar la teoría de la deriva continental se propuso en los años 60's del siglo XX por Wegener y fue muy rechazada, instalándose sólo después como un hecho. Así es que nada que ver todo eso que te imaginas de que pueda haber disparado el evolucionismo, es históricamente falso. Más bien, el evolucionismo descarta la creación en cada continente de sus bichos y fósiles y es a partir de la descendencia común que se proveen muchos de los datos biogeográficos con los que se argumentó la deriva continental. osea, en honor a la verdad, el hehco previamnete demostrado de la evolución, ayudó a consolidar la deriva continental.

Las relaciones filogenéticas entre los principales clados de organismos tampoco están en discusión, muchas están resueltas, y no se cuestionan (ejemplo fácil: los cetáceos son mamíferos) y esto nuevamente pese a que tampoco puede decirse que se hayan establecido experimentalmente. Los análisis filogenéticos son acercamientos comparativos, no experimentales. Y permiten predecir con éxito dónde y cuándo se encontrarán precursores o primeros representantes de los grupos.

"Pero por qué no le concedemos también su funcioncilla?. aunque sea estar ahí o esperar a ver si hay ocasíón de hacer algo?. Por que no admitir que puede haber millones de funciones desconocidas en los mínimos rincones del genoma"

Eso ya lo respondí. Lo que le interesa al biólogo es si ACTUALMENTE , tiene función o no, por muco que al filósofo se le pierda este punto de vista. No tiene mucho interés es estudiar casos concretos.

Y no seas fresco, "estar ahí" no es en sí una función, ni demostración de que "esté esperando" una función, es una explicación casi teleológica, que confunde la dirección de los eventos, vale decir, pirmero se tiene que exisitir, estár ahí, para que luego, QUIZáS se adquiera una nueva función (los datos indican que la mayoría nunca tiene una función o se pierde sin haber cumplido función alguna, aunque con un sólo caso basta para cuestionar el argumento). No es el caso que esté ahí debido a puede llegar a adquirir una función.
De hecho al decir que "estar ahi" es una función no dejas espacio a que exista nada sin función ya que automáticamente, no debería "estar ahí". La gracia es estar ahí PESE a no tener función. Argumnetando así sólo da la impresión que recoges la pelota y nos dejas a la mitad del partido.
No pienso repetirme nuevamente sobre el argumento 2.

Lo otro, me parece que aún no lidias de frente con el hecho de que los tamaños de genoma varían tanto, y sería bueno que fueras más explícito sobre lo que dijiste de los helechos y cómo "desbanca" este hecho, ya que la extrema variaciñon del taamño del genoma, incluyendo especies cercanas sin diferencias biológicas sustanciales, se conoce desde hace tiempo, y están entre los motivos originalmente expuestos para crear la frase "junk dna". Eso lo podríamos discutir aquí en este hilo. Si seguimos discutiendo de experimentalismo y epistemología de la biología, yo recomendaría que lo hiciéramos en el post sobre "el conejo del cámbrico y el falsacionismo"

Roberto E. Yury Yáñez dijo...

"La fuerza de la argumentación en Biologia procede del experimento."

OOOOOO!!!

Corríjanme si estoy mal!

La fuerza de toda argumentación en la Ciencia procede de la observación de un fenómeno que puede ser explicado a través de un modelo y que en ese sentido la experimentación es parte de la acumulación de argumentos en favor de un modelo.

"las manzanas caen" = observación ¿porqué? hay una fuerza que las atrae al planeta, experimento = la balanza de torsión, modelo = la fuerza de gravedad entre dos cuerpos es proporcional al cuociente entre el producto de la masa de ambos cuerpos y la distancia que los separa al cuadrado.

Parece que la única sacralización que existe es la de la imagen del científico de bata blanca y tubos de ensayo la obs de fenómenos es la parte fundamental de la labor científica y la búsqueda de modelos lo es tb, Gould dijo: Buscamos modelos repetidos en la historia de la vida, casi siempre sin éxito.
La experimentación es parte del argumento no es ni la fuerza ni es en si el argumento.
La gracia de que el experimento sea tan importante es q cumple con ciertos aspectos bastante valorables todo experimento ha de poder ser reproducible y por supuesto todo modelo propuesto es valido dentro del rango experimental, las leyes de Newton parecen guatear a velocidades muy altas pero no hacen que el modelo sea mula empiezan los efectos relativistas y cambiamos de modelo piensen en el clásico ejercicio de física 2 de aplicar el modelo relativista al desplazamiento de una pelota de tenis y recuerden los valores obtenidos, valores que no vale la pena considerar porq no explican lo que estamos observando (el desplazamiento) nos quedamos en consecuencia con el modelo newtoniano más sencillo pero válido en ese rango de velocidades.

Emilio Cervantes dijo...

De acuerdo con que el hecho de la evolución ayudó a consolidar el reconocimiento del hecho de la deriva continental. Pero no de acuerdo con las fechas. Wegener (1880-1930) ya lo dijo todo mucho antes de la fecha que indicas y esto animó el debate activo sobre evolución y dió apoyo al neodarwinismo.

Dices:

"Los análisis filogenéticos son acercamientos comparativos, no experimentales. Y permiten predecir con éxito dónde y cuándo se encontrarán precursores o primeros representantes de los grupos."

Predicciones más adecuadas para familias que para grupos más importantes. Nada claras para establecer relaciones entre grupos muy diferentes.

Ahora la función. En los dinosaurios de genoma grande, una proporción podría tener una función estructural. Por ejemplo, mantener células grandes. Cada transposoncillo no tendría una funcioncilla demostrable, pero todos juntos sí una gran función: Mantener tales células en una relación de tamaño metabólicamente eficaz (P.e: THOMAS CAVALIER-SMITH, 2005: http://aob.oxfordjournals.org/cgi/content/full/95/1/147).

Roberto E. Yury Yáñez dijo...

Es súper peligrosa por decir lo menos la noción de función, puede llevar a confusiones bien graves.

Ejemplos: cito al David Rubilar: "mucho se dijo de los brazitos cortitos del T. rex en nombre de la función como por ej, sujetar a la hebra durante la reproducción, en verdad, una explicación funcionalista es bastante peligrosa", y otros ejemplos de un brasileño en un seminario que dijo q algunas proteínas habían resultado ser la misma pero habían sido descritas como diferentes siendo q en ocasiones eran enzimas u otras cosas, describir en base a la función, es como el chiste de "yo tengo un desatornillador no te sirve como atornillador, tienes q ir a comprar un atornillador".

"Predicciones más adecuadas para familias que para grupos más importantes. Nada claras para establecer relaciones entre grupos muy diferentes"

Todos las filogenias son hipótesis y las relaciones en teoría son fáciles de establecer si seguimos el proceder propuesto por Hennig, pero recuerda q no es tan fácil distinguir una homología de una analogía incluso a nivel molecular se dan (tb junk DNA por ejemplo) a veces la evidencia es incompleta puede haber casos de rasgos no parsimoniosos y el cladograma se construye en base a ese principio.

Como contra ejemplo consideremos el caso de los pingüinos ¿¿¿podemos estar seguros de con que grupo de aves comparten el ancestro más reciente procellariiformes o gaviiformes??? ambas hipótesis parecen ser igual de parsimoniosas.

Esto no quita q en algún momento dado tenemos el aparecer de los pingüinos com clado monofilético de características particulares.

Sanders dijo...

"Predicciones más adecuadas para familias que para grupos más importantes. Nada claras para establecer relaciones entre grupos muy diferentes"

Explosivamente falso. De hecho muchas veces es más difícil saber cuales dos de tres especies cercanas comparten un ancestro en común más reciente, por ejemplo, entre tres especies de abeto que reconocer lo mismo pero entre formas más lejanas, por ejemplo entre una estrella de mar, un tiburón y un ser humano.

No sé de qué fuente sacaste esa afirmacion pero sí sé que se repite mucho en el material creacionista-DI. Ya sabes, para ellos, solo hay microevolución, de especie a especie, pero jamás un ancestro común entre grande clados, como el tiburón y el hombre. Es que ya saben lo que dice la biblia: "según su género los creó" jeje

Emilio Cervantes dijo...

Respondiendo a (1):

"Los análisis filogenéticos son acercamientos comparativos, no experimentales. Y permiten predecir con éxito dónde y cuándo se encontrarán precursores o primeros representantes de los grupos."

Dije (2):

"Predicciones más adecuadas para familias que para grupos más importantes. Nada claras para establecer relaciones entre grupos muy diferentes"

La predicción del dónde y el cuándo expresados en 1, en general es más acertada para familias. sobretodo el cuándo, en general también el donde (antepasado común).

No me parece tan explosivamente falso.

Muy de acuerdo en:
Es súper peligrosa por decir lo menos la noción de función, puede llevar a confusiones bien graves.

Sanders dijo...

Hombre, tampoco. Ya como dije, a veces las relaciones entre formas más cercanas son más difícles de resolver que entre formas más distantes. Por eso la resolución de las predicciones no podrá trascender la perogrullada a menos que haya más resolución de las relaciones filogenética.

Roberto E. Yury Yáñez dijo...

Creo q es válida tanto a nivel de familias y grupos mayores. Consideremos que no existe registro fósil del ancestro común de deuterostomados y protostomados pero podemos afirmar muchas cosas del mismo a través de análisis filogenéticos.

Sanders dijo...

Ah bueno, claro, hay consecuencias para la célula de tener o no todo ese DNA chatarra.
Si hay menos DNA la célula podrá ser más pequeña y replicarse más rápido, por ejemplo en el artículo que citas mencionan parásitos eucariontes unicelulares de genomas reducidos, en que estos rasgos pueden argumentarse que son ventajosos. Pero me atrevo a decir que en el caso de los metacelulares no existen muchos buenos argumentos, porque el tamaño de las células no se correlaciona muy claramente con otros factores como tamaño corporal general, metabolismo general. etc (consideren que las aves tiene metabolismos "record" con genomas más pequeños)

Pero supongamos que estas "ventajas" existen. Aún así, ocurrirán a posteriori de que ya tengamos mayor o menor DNA, es decir, las ventajas no participan de los mecanismos de producción de este dna no-codificante. Ya sabemos que son los transposones fundamentalmente, inserción y otros mecanismos nada muy relacionables con estas posibles ventajas.
Se sigue de esto que en su origen, los incrementos en la cantidad de DNA no testuvieron asociadas a diferenciaciones ecológicas importantes, es decir que los efectos en la fisiología celular no resultaron significativas. Desde ya los que creían que las aves redujeron el genoma para volar quedaron en la historia gracias al estudio presentado en este post que muestra que la reducción del genoma ocurrió mucho antes.

Pero el caso de los dinosaurios fue hace mucho. En comparación, las diferentes especies del género Allium divergieron hace poquito. Habrá alguna gran diferencia ecológica entre ellas? Veánlo uds:

http://www.pandasthumb.org/archives/2007/06/junk_dna_junk_s.html

Sanders dijo...

Exacto, el nivel de resolución de una pregunta filogenética es independiente del nivel en que se haga y depende más de que exista un registro de datos documentando el clivaje de los nodos en cuestión , haya ocurrido hace 20 mil o 20 millones de años atrás, da igual. Y en todos los niveles hay muchos casos donde las relaciones ya se han escalrecido fuera de toda duda. Por ejemplo, que las aves pertenecen dentro de los dinosaurios.

Esto no quita que también existen en todos los niveles situaciones donde la información es insuficiente para obtener buena resolución. Pero no depende del nivel.

Roberto E. Yury Yáñez dijo...

ESO ESO ESO ESO!!!
Erselente aclaración Sanders!

Sanders dijo...

las nuevas generaciones de los pastos de ciencias no lo hacen nada mal tampoco te diré jajaj

Cristian dijo...

Respecto al asunto del dna "junk", se ha encontrado tambien en insectos casos donde parte de este material esta involucrado con la aparicion de rasgos distintos (por ejemplo en moscas tefritidas), sin embargo, el reconocer que esto puede ocurrir en algunos casos no es sinonimo ni de reduccionismo ni de adaptacionismos a ultranza, una cosa es el origen de este material genetico y otra la "funcion" en la que podria estar participando,
es interesante de todas formas que ocurra.


Por ejemplo en ciertas avispas parasitoides la transferencia orizontal de un virus no solo involucra la aparicion de ciertos nuevos caracteres en la avispa hembra relacionadas con la sobrevivencia del huevo dentro del hospedero sino que tambien recombina al virus que se establece entonces como simbionte de la especie (se supone que tambien esta involucrado en el buen establecimiento del huevo parasitoide dentro del huesped a traves del bloqueo de los hemocitos que operan dentro del hemolinfa del huesped como sistema inmunologico, permitiendo asi el crecimiento de la larva parasitoide..)


Salve!


Diablete

Emilio Cervantes dijo...

Hermoso el ejemplo de la avispa y el virus, Cristian. Puede por favor indicarme una referencia o cómo buscarlo.

Ahora, Sanders dixit:

Desde ya los que creían que las aves redujeron el genoma para volar quedaron en la historia gracias al estudio presentado en este post que muestra que la reducción del genoma ocurrió mucho antes.
Por lo tanto: ¿es correcto decir que pudieron aparecer las aves porque ocurrió previamente una reducción del genoma?
oSi
oNo

Estotro:

Consideren que las aves tiene metabolismos "record" con genomas más pequeños)
Precisamente, genoma más pequeño, céllas más pequeñas, metabolismo más activo. Es lo único que saqué en claro de leer a d'Arcy Tompson, el único libro en el siglo XX que trata de la forma en los seres vivos. Todo lo demás ha sido sucia función.

Happy Week-end y animénse a echar un comentario:

http://nuevabiologia.blogspot.com/
http://nuevabiologia2.blogspot.com/

Emilio Cervantes dijo...

Este va para Roberto Yuri Yáñez que arriba dice:

"La fuerza de la argumentación en Biologia procede del experimento."

OOOOOO!!!

Corríjanme si estoy mal!

La fuerza de toda argumentación en la Ciencia procede de la observación de un fenómeno que puede ser explicado a través de un modelo y que en ese sentido la experimentación es parte de la acumulación de argumentos en favor de un modelo.

Eso que dices Roberto es muy bonito, romántico. Lo podemos contar en clase y los alumnos nos miran con la boca abierta como diciendo: Que fantástico el mundo de nuestros mayores. Ahora bien, la realidad de nuevo no es exactamente igual a lo que se supone debería ser o a lo que pudo haber sido. Es como es y normalmente, menos bonita de lo que pensamos.

Intente sino hoy publicar un artículo basado en la observación de un fenómeno o la explicación de un modelo que no sea experimental.
¿A cuantos profesores conoce que no tengan un curriculum experimental?. La Biología hoy es experimental. Es tan experimental que no puede serlo más y por eso, empieza a mirar en otra dirección y pronto podrá ser teórica si vamos creyendo en ello.

http://nuevabiologia2.blogspot.com/

Sanders dijo...

Y las arabidopsis tambien tienen metabolismo elevado? y hay diferencias metabolicas entre las cebollas? Nones. Ya dije antes, que no hay correspondencia directa entre tamanio de genoma y rasgos como metabolismo. Esto es facil de comprobar, miren la figura de este post, los mamiferos tienen genomas de tamanio similar al de muchos reptiles pese a que su metabolismo basal es al menos 10 veces mayor.

Que si la previa reduccion del genoma permitio el vuelo? no lo se!! Necesitaria una evidencia, no la mera formulacion de la hipotesis. Ni siqueira un dato semisugerente como por ejemplo, si los murcielagos han reducido tambien su genoma.

Cristian, habria que aclarar la relacion de lo que indicas con el argumento sobre el dna chatarra. Que los insertos virales pueden provocar cambios funcionales es muy bacan: NEATO!! Pero de ahi a agarrase de eso para decir que el dna chatarra no existe, que nunca se puede decir que algo no es funcional...uf. Mal.

Sanders dijo...

"Intente sino hoy publicar un artículo basado en la observación de un fenómeno o la explicación de un modelo que no sea experimental.
¿A cuantos profesores conoce que no tengan un curriculum experimental?. La Biología hoy es experimental"

Es en serio? osea la sistematica filogenetica, la ecologia, la paleobiologia, etc dejaron de ser competencia de la biologia. Solo existe algo asi como una bioquimica, fisiologia, genetica, desarrollo puramente experimentales. Llamarlas puramente experimentales hoy por hoy ya es cariacturizarlas ya cada vez hacen mas uso de los datos historicos y evolutivos. El desarrollo, por ejemplo, seguro te parece experimetal. Pero el evo-devo, que te parece? Experimental o no?

Hacer experimentos esta perfectamente bien. Lo malo es el "experimentalismo". Atacar el experimentalismo no permite atacar a la biologia porque use experimentos. Perdon pero eso es una tonteria bien evidente.

Emilio Cervantes dijo...

Hay relación enre poliploidización y tamaño celular?.
Si la respuesta es sí, entonces hay relación entra poliplidia y metabolismo porque células mayores tienen metabolismos mas "lentos" porque en ellas disminuye la relación superficie/volumen.

Estamos hablando de especies que presentan poliploidización no es una comparación general (tamaño del genoma-metabolismo) que así no iremos a ninguna parte. Hay que fijarse en un caso y analizarlo y no divagar.

Entre las tres cebollas habría que mirar el tamaño celular y el metabolismo antes de decir tan claramente no. No lo sabemos de momento.


La sistematica filogenetica, la ecologia, la paleobiologia necesitan cada vez más de tecnologías experimentales. Sin experimento no hay interpretación.
Si son biología, pero biología experimental.

Los datos historicos y evolutivos se obtienen cada vez más por métodos experimentales.

No ataco. Ni al experimentalismo ni a nada. Pongo de manifiesto la preocupación por poner la técnica por delante del lenguaje. La herramienta delante de la pregunta.

Sanders dijo...

eso ultimo es bastanhte diferente al cuestionamiento general de la biologia como ciencia. Y no, por etneer elementos de experimentacion, la paleobiologia no se hace "experimental". Repito, lo que tu quieres atacar es el experimentalismo,no la biologia.

Emilio Cervantes dijo...

Tampoco exactamente atacar. Hacer hincapié, destacar análisis que van tomando un aspecto excesivamente experimentalista y poco reflexivo.

Nucleo Decenio dijo...

Respecto a la citas de los Bracovirus en parasitoides pronto espero terminar un posteado (con vinculos a los pdfs) sobre el tema, que tiene mucha relacion con lo de los rasgos facultativos que pasan a ser obligados bajo cierta cirscunstancias, lo que ciertamente ocurre MUCHAS veces en biologia y no tiene nada que ver con antropocentrismos..

Cristian

Sanders dijo...

"Hay relación entre poliploidización y tamaño celular?"

Si

"Si la respuesta es sí, entonces hay relación entra poliplidia y metabolismo porque células mayores tienen metabolismos mas "lentos" porque en ellas disminuye la relación superficie/volumen"

No. Es cierto que la superficie por la cual puede entrar el oxigeno es menor, pero no es el unico factor. Por ejemplo la concentracion de oxigeno externa tambien es importante , y si tienes hemoglobinas que ntregan el oxigeno con mayor facilidad, el factor del tamanio celular puede tornarse negligible.
Ademas mira de nuevo la figura del post, ahi se ve clarito.

"Estamos hablando de especies que presentan poliploidización"

??? yo pensaba que estabamos hablando de variacion de tamanio del genoma en general, no de la poliploidizacion. Esto incluye los transposones y elementos repetitivos cuya proliferacion da cuenta del 50% del genoma humano. Ademas que la poliploidia muchas veces SI se ve acompaniada por un notorio efecto fenotipico (tamanio sobre todo)

"no es una comparación general (tamaño del genoma-metabolismo) que así no iremos a ninguna parte. Hay que fijarse en un caso y analizarlo y no divagar"

Ah?

"Entre las tres cebollas habría que mirar el tamaño celular y el metabolismo antes de decir tan claramente no. No lo sabemos de momento"

Yo creo que si se ha visto, pero por ahora me conformo con que aceptes que esto deberia comprobarse con un....sucio experimento jaja.

"La sistematica filogenetica, la ecologia, la paleobiologia necesitan cada vez más de tecnologías experimentales.Sin experimento no hay interpretación.
Si son biología, pero biología experimental."

Naaaa. Siguen refiriendose a eventos historicos irreproducibles. Por eso los cracionistas usan un experimentalismo de sentido angosto como definicion de ciencia, para luego negar los datos de la historia natural.

"Pongo de manifiesto la preocupación por poner la técnica por delante del lenguaje. La herramienta delante de la pregunta"

Eso no es un problema de la biologia solamente sino del pragmatismo anglo, en un mundo anglo-dominado.

Emilio Cervantes dijo...

Esto suena a excepcional, con el aire de la excepción que confirma la regla, porque,.. ¿acaso la propia función de la hemoglobina no viene a apoyar la afirmación de que a menor relación superficie/volumen, menor tasa metabólica (Ley de D'Arcy Thompson o de la imposibilidad de los viajes de Gulliver)?:

"No. Es cierto que la superficie por la cual puede entrar el oxigeno es menor, pero no es el unico factor. Por ejemplo la concentracion de oxigeno externa tambien es importante , y si tienes hemoglobinas que entregan el oxigeno con mayor facilidad, el factor del tamanio celular puede tornarse negligible."

Para comprobar esto si que hace falta experimentación, para ver el tamaño de las células de la cebolla, una experimentación minima: simple observación al microscopio.

Experimentación es muy amplio, va desde esa simple observación con una lupa a los métodos más complicados.
Todas las disciplinas que se refieren hoy a eventos historicos irreproducibles necesitan hacer experimentos (PCR, secuenciación, análisis de ilogenia), aunque, efectivamente los eventos que estudian no son experimentales. Pero eso es otra cosa.

100% de acuerdo en la rase final.

Vieron mi último comentario en el conejo del cámbrico?.

TODO LO QUE HOY ES LEY FUE UN DIA PEDANTERIA.

http://nuevabiologia2.blogspot.com/
http://nuevabiologia.blogspot.com/

Sanders dijo...

Suficiente de entregrale datos a alguine a quien le entran por un oído y le salen por el otro. Esto ya es idiotez.

Sanders dijo...

Pfffff bueno ok un par de aclaraciones, en honor a alguna paciencia interdisciplinaria. Y disculpen la expresiones de fastidio.

Es cierto que mientras más pequeño, menor metabolismo, en todos los grupos el metabolismo disminuye con el tamaño corporal: pero, las curvas en el gráfico de cada grupo no se sobreponen. Es decir, hay modificaciones evolutivas que pueden correr una curva completa. Debido a esto, una lagartija del mismo tamaño que un ratón tiene un metabolismo aprox. 10 veces más bajo. Ahora, cualquiera sabe que hay notables diferencias pulmonares, cardiacas y de hemoglobina entre ambos. La evolución del metabolismo elevado de los mamíferos tiene que ver con estos cambios, que obviamnete distorisonan la relacion superficie volumen más allá del tamaño corporal. Lo que está más que claro es que el aumento metabólico de los mamíferos no estuvo relacionado con ningún cambio del tamaño celular. Resulta que las aves tiene corazón, pulmones y hemoglobinas de alto aporte de oxígeno. Pero qué casualidades de la vida....jajaja

Sanders dijo...

Ooooops error

Es cierto que mientras más pequeño, MAYOR metabolismo, en todos los grupos el metabolismo disminuye con el tamaño corporal: pero, las curvas en el gráfico de cada grupo no se sobreponen. Es decir, hay modificaciones evolutivas que pueden correr una curva completa. Debido a esto, una lagartija del mismo tamaño que un ratón tiene un metabolismo aprox. 10 veces más bajo. Ahora, cualquiera sabe que hay notables diferencias pulmonares, cardiacas y de hemoglobina entre ambos. La evolución del metabolismo elevado de los mamíferos tiene que ver con estos cambios, que obviamnete distorisonan la relacion superficie volumen más allá del tamaño corporal. Lo que está más que claro es que el aumento metabólico de los mamíferos no estuvo relacionado con ningún cambio del tamaño celular. Resulta que las aves tiene corazón, pulmones y hemoglobinas de alto aporte de oxígeno. Pero qué casualidades de la vida....jajaja

Anónimo dijo...

Ya me daba miedo entrar a youtube y ver tantos comentarios chilenos tan hermosos y bien pensados,aqui parece que se reviro el voltaje.O sea la paja mental "la lleva en Chile"
Cuando se habla del genoma,primero se refiere a un todo..Como todo es y cada una de sus partes constituyen su importancia.
-Mientras mas segmentos para una función mas garantías de perpetuidad.
Si la evolución estuviera determinada por el numero de secuencias mudas tendríamos una clara explicación para las diferencias evolutivas..como un determinante de el ritmo evolutivo..
Ahora,lo que en ciencia es especulación lo es para la musica improvizacion..Fuera de la observación el pensamiento dirije la mirada.
En cuanto a la "chatarra" la naturaleza no es como el flojo,que consume y bota..La naturaleza recicla,reutiliza..A menos que un planteamiento paradigmatico acepte un efecto "conmutador" en los genes,seguiremos hablando de chatarreria genética cuan se tratase de naturaleza"irresponsable"..Ahora bien otro punto de vista,define al conjunto genoma como un elemento traslacional en el cual sus elementos se expresan ciclicamente generación tras generación..segun esta teoría los organismos ciclicamente expresan una transformación fenotipica hasta que las condiciones exijan una no inversión y un cambio cualitativo.Ello a travez de la "procesión" de caracteres activo-inactivo..Dicho de otra manera,el salamandriforme fue luego sapo,otra ves salamandriforme y luego sapo definitivo..¡teneis como demostrar lo contrario?

Anónimo dijo...

Pero estoy aterrado,con respecto a la relación entre metabolismo celular y tamaño genómico..Ciertamente los mamiferos y los reptiles no presentan en general diferencias tan abismante en número,sin embargo la generalización no hace la regla.Si precisamos y observamos el metabolismo en acción..Función hepática,función renal.etc..Estariamos obligados a ponderar de acuerdo a su actividad..La función celular es relativa,no podemos dirigirla a un concepto tan cerrado como el que expresas.
Es mas,es tan ineficaz la relación que no podriamos caracterizar a un organismo de acuerdo a su numero cromosómico.
Ahora bien,los genes inactivos representan en un sinumero de especies el volumen representativo de el genoma..
Vuelve y juega,la utilidad..que es inutil y que inutil en términos no ontogenicos si no evolutivos..
David Rubilar y su colega Vargas esperarían que esta basura permita la edificación de un dinosaurio a partir de un huevo de gallina,ello apunta a la traslacionalidad del genoma.A diferencia de los autores preciso mas en la conmutabilidad de caracteres y la disponibilidad opcional de "genóma carrier".
Pero al señalar que esta"basura" genética no es representativa en algunos grupos nos obliga a descidir un acopio y no una funcionalidad..
Luego hasta que punto es infuncional.Como determinar el supuesto..
Yo apostaría a la existencia de un mecanismo aun desconocido,el cual en diversos estadios presenta un incremento o decremento de la supuesta"basura genética"..
Yo les recuerdo que la teoría en sí está en pañales,hace unos años se acuño la existencia de los genes"vox dir",pronto hablaremos de mediadores extrinsecos,de localizadores,y de conmutacionalidad..por que el herror es creer que si existe la conmutacionalidad esta debe determinar cambios evolutivos repentinos..Es mas arriesgado para el genoma el gran cambio genotipico que la conservación de caracteres..luego¡¿como el cerdo consiguio cogines para beber como caballero?