lunes, octubre 20, 2008

It's the SAME cell environment, stupid

A recent commentary in Science titled "It's the sequence, stupid" describes the conclusions of an experiment published within the journal's latest issue. Framed as a supposed slap in the face to epigenetics, the experiment describes what happens with some indicators of "gene expression" of human chromosome 21 in mouse hepatocytes; that is, human c21 has been incorporated into the genome of an experimental line of mice. They find that things such as the binding site of several transcription factors, and the general levels of transcription on the chromosome, are for the most (but not entirely) the same as in human hepatocytes. Their conclusion? The sequence of the human C21, rather than the epigenetic cell environment, is mostly responsible for "regulation" of its own expression. Hence, "It's the sequence, stupid".
But, is it? It is well-known that all cells within the body contain the same sequence, but express very differently in different cell types, because of the different cell environments. It is interesting that the people at Science managed to wash this fact out of their brains, since it directly refutes that expression is determined in the sequence. Further, their conclusion is simply not logical because they are comparing cells with the exact same cell phenotype. The image shows micrographies from two liver sections; one is from mouse, the other is from human. Can anyone tell me which is which? The fact is, at the cell-histological level, most homologous tissues of mouse and human are undistinguishable.
Don't expect virtually identical cells to produce great differences in the expression of the same sequence just because you are comparing them in different species. Expect them to produce virtually identical gene expression. As simple as that.

Refs:
Wilson, M.D., Barbosa-Morais, N.L., Schmidt, D., Conboy, C.M., Vanes, L., Tybulewicz, V.L.J. Fisher, E.M.C., Tavaré, S., and Odom. D.T. 2008 Species-Specific Transcription in Mice Carrying Human Chromosome 21. Science 322: 434-438

Coller HA, Kruglyak L.
2008 Genetics.It's the sequence, stupid! Science. 322:380-1.

UPDATE

Check out this site on hepatocyte histology
Left is pig; right is raccoon
Phenotypic plasticity: This is mouse, fasted and glycogen-enriched
And of course, human (from another site):

8 comentarios:

Roberto E. Yury Yáñez dijo...

¿Cómo MI ambiente no está en MI genoma? y cuando oigo plasticidad no quiero sacar la pistola??? je-je

A. Vargas dijo...

Asi le gusta a Science. Yeeeeha!!

Gustavo dijo...

tem um exemplo muito interessante neste contexto, com experimentos estranhos de genética do comportamento.

Há essa enorme corrida maluca para se apontar genes que influenciam comportamento. Então se encontra que uma determinada região cromossômica está associada com um padrão de comportamento qualquer em uma linhagem de animal inbred específica. Porém, quando se toma este segmento cromossômico dito como "causador" do comportamento e se insere em outras linhagens de ratos ou camundongos da MESMA ESPÉCIE: nada passa! é bizarro!

a conclusão é que diz neste tipo de estudo é que há uma região cromossômica que em uma linhagem específica se correlaciona com um comportamento muito particular. Mudo o background do animal que carrega esta mesma sequencia nucleotídica e o comportamento esperado desaparece!

hahahah
hahahaha

Gustavo dijo...

acabo de ler o artigo citado e vejo que isos é realmente um retrocesso na Biologia.

É uma tentativa desesperada de se proteger o dogma central da biologia de algo que eles sequer sabem o que é.

Digo isso porque recentemente aqui no Brasil um geneticista escreveu um texto dizendo que a "epigenética" era uma reclamação quixotista de um "exército farroupilha".

Só que quando ele apontava sua arrogância para disparar contra essa tal epigenética ele deixava muito claro que se referia apenas a pardões de metilação do dna, e permanecia absolutamente cego as questões históricas da biologia.

Deixe que atirem, pois não sabem em que apontam...


abraços,
Gustavo

gustavo dijo...

Aliás, não sei se já disse isso antes, mas atentem a isso:

Ao realizar uma busca no Pubmed por [Epigenesis], encontrei 3537 artigos!

mas ao detalhar a busca por [epigenesis and preformation], encontrei apenas 22 artigos!

Quer dizer, provavelmente todos os 3521 artigos restantes são recentes trabalhos moleculares de detalhes da metilação nucleotídica.

Roberto E. Yury Yáñez dijo...

“Epigenetics is
a useful word if
you don’t know
what’s going on
— if you do, you
use something
else.”
— Adrian Bird

SENSU Nature 455: 1023 - 1028

¿¿¿¿¿¿¿¿¿¿????????????

GH dijo...

fortuito que eu havia feito este comentário antes de ver este artigo da Nature que o Roberto cita!

aí trata de fazer um consenso de terminologias biológicas, e se discute o que é e o que não é "epigenética". A única que coisa que se fala ali é de DNA! nenhum comentário sobre spigênese (no sentido histórico). são duas páginas falando de uma
epigenética AHISTÓRICA! E isso era um paper de definiçAo de termos na nature!

esse mesmo que apresentou essa citação colocada por Roberto...


abraço Gustavo

A. Vargas dijo...

Ojo que también hay "holistas" que "sacan la pistola" si se les mencionan palabras como "gen" o "mutación"...me parece que eso es caer en la trampa de ser la mera antítesis del reduccionista.

Es posible darse cuenta que la discusión de moléculas, genes y mutaciones no es algo que obligue al reduccionismo. Como cualquier otro aspecto estructural de los seres vivos, este nivel de observaciones puede ser bastante informativo e interesante, y hacer uso de ellas, no implica en absoluto creer en el dichoso "programa genético".

Tampoco es menester que todas y cada una de nuestras investigaciones biológicas al nivel que sea estén orientadas a crear un "mensaje antireduccionista"... Eso dentro de cierto rango es justo y necesario, pero llevado al extremo, podría hacernos tan selectivos y aburridos como todas esas investigaciones que lo único que les interesa es llegar a una "conclusión darwinista", "conclusión reduccionista" (como esa porquería de Science que comento arriba) o inclusive una "conclusión anticreacionista"