viernes, noviembre 07, 2008

¡Ya era hora!

Ya hemos enfatizado, en este blog de afilado criterio, los graves problemas en la moda decerebrada de la detección de "selección positiva". Una de las críticas que suelo hacer ante mis colegas y en otros blogs donde dejo comenatrios es la facilidad con que se contentan con asumir cambios "ventajosos" sin hacer ninguna conección con el fenotipo, basados sólo en el test estadístico.

¿Qué pasa cuando controlamos adecuadamente si hay fenotipo asociado a las sustituciones nucleotídicas "positivamente seleccionadas"?

Un comentario recientemente publicado en PNAS menciona un interesante estudio reciente de rhodopsinas que absorben diferentes longitudes de onda en muchas diferentes especies de peces que viven a diferentes profundidades o tienen diferentes conductas relacionadas con la luz. Se caracterizan muchos cambios no sinónimos que afectan la longitud de onda que absorben las rhodopsinas y que se corresponden con ele stilo de vida de cada especie de pez (es decir son "adaptativas"; véase este post previo sobre este tema ). Resulta una instancia idónea para poner a prueba de manera biológica la famosa "prueba estadística" de la selección positiva. Nos dice Austin Hughes:

"In fact, the results showed that the codon-based methods were 100% off-target. When Bayesian methods were applied to a set of closely related rhodopsin sequences, eight sites were identified as ‘‘positively selected.’’ Yet not one of these sites was among the 12 sites known to be involved in adaptive changes in rhodopsin sensitivity. Moreover, amino acid changes at these sites were shown experimentally to have no effect and thus almost certainly to lack any adaptive significance.These results support the theoretical prediction that, because of the faulty logic in their underlying assumptions, codon-based focus mainly on statistical artifacts rather than true cases of positive selection"

Hughes concluye:

"In recent years the literature of evolutionary biology has been glutted with extravagant claims of positive selection on the basis of computational analyses alone, including both codon-based methods and other questionable methods such as the McDonald-Kreitman test. This vast outpouring of pseudo-Darwinian hype has been genuinely harmful to the credibilit y of evolutionary biology as a science. It is to be hoped that the work of Yokoyama et al. will help put an end to these distressing tendencies."

Ya era hora!!

El comentario de Hughes está en el grupo yahoo decenio (PNAS 2008Hughes). Tienen que leerselo...acá sólo puse una fracción de sus demoledoras críticas.

Refs

Austin L. Hughes. The origin of adaptive phenotypes. PNAS 2008 105:13193-13194

1 comentario:

A. Vargas dijo...

Me dijo un ex-compañero del lab que en efecto se utiliza frecuentemente y de manera inadecuada un test basado en el complejo de histocompatibilidad. Estos son los tests, según el, que fallaron en este estudio.
Es probable que mi amigo pida los datos a Yokoyama et al. para aplicarles otros tests...veremos cómo le va, pero creo que el problema puede manejarse de manera más conceptual.

A mi me parece interesante poseer cierto nivel descriptivo del cambio evolutivo de las secuencias, pero qué lenguajito..."selección positiva"?

Creo que todo se basa en decir que en una determinada porción de la secuencia, tener una tasa de sustitución mayor a la del tercer nucleótido del codón es "quedar de inmediato" y supuestamnete vincular eso con la "optimización" o incremento de una condición biológica "favorecida"(e.g. desplazamiento por competencia).

Algunas opiniones al repecto...la selección que interesa, es la selección direccional, no la selección negativa. Es decir, que las cosas se preserven "de inmediato", en una mismo dirección. Es por esto que sí importa si estamos comparando la evolución de sólo un codón, una sección de la proteína, la proteína entera...no hay porqué asumir que todas las sustituciones contribuyen a un mismo "efecto", ni siquiera dentro de un mismo codón

Para que en una proteína se fijen mutaciones a tasas mayores que las neutras, no es necesario que haya selección direccional ni "positiva". Sostengo una visión alternativa, todo lo contrario a la noción de selección direccional "sostenida": El CAMBIO, la gran fluctuación en las condiciones que podrían tener el mismo efecto. Justamente, el complejo de histocompatibilidad!