martes, mayo 27, 2008

Más condenas mortales en cladística

Dénme una mezquita y un altoparlante: Su ayatola de la cladística les tiene listas un par de ricas nuevas condenas a muerte, que se cumplirán sin piedad.
¿Los desdichados en esta ocasión?

1)Pegasoferae: Este clado agrupa murciélagos con perisodáctilos. Se ha justificado por medio de inserciones de trasposones en lugares específicos del genoma (Nishihara et al. 2006) y ha aparecido en algunos otros arbolitos desde entonces (Murphy et al. 2008) pero lo cierto es que hasta el momento ningún estudio formal de secuencias típicas ni de la morfología ha confirmado la existencia de Pegasoferae. Más bien, por el lado de la morfología, esto implicaría asumir que los ungulados no existen, ya que perisodáctilos serían más cercanos a quirópteros que a artiodáctilos; si miramos los datos paleontológicos, no quedaría otra, según Pegasoferae, que concluir que los murciélagos evolucionaron a partir de algo como este lindo Condylarto (ungulado basal)


Qué les parece?

La otra condena de muerte es para este arbolito muy publicado en Nature:



La historia de la evolución del veneno que vende ese paper se ve muy linda, pero nótese: la iguana les salió entremedio de un montón de escleroglossae...es una infracción flagrante de todo lo que sabemos de evolución de lagartos... de hecho la distinción más básica de los lagartos, es entre iguania y scleroglossae. Este modelo implica la reversión de varios ragsos escleroglosos (como la misma lengua queratinizada y mayor desarrollo del órgano de Jacobson).


Referencias:


Nishihara, H., Hasegawa, M., and Okada, N. 2006. Pegasoferae, an unexpected mammalian clade revealed by tracking ancient retroposon insertions. Proc. Natl. Acad. Sci. 103: 9929–9934

William J. Murphy, Thomas H. Pringle, Tess A. Crider, Mark S. Springer and Webb Miller 2007 Using genomic data to unravel the root of the placental mammal phylogeny Genome Res.17: 413-421

Fry BG, Vidal N, Norman JA, Vonk FJ, Scheib H, Ramjan SF, Kuruppu S, Fung K, Hedges SB, Richardson MK, Hodgson WC, Ignjatovic V, Summerhayes R, Kochva E. 2006. Early evolution of the venom system in lizards and snakes. Nature.439(7076):584-8.

11 comentarios:

Roberto E. Yury Yáñez dijo...
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Sanders dijo...
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Sanders dijo...

De todas maneras hay que precisar que no estoy argumentando una imposibilidad mecanística (algo que me parece siempre desaconsejable). Simplemente estoy señalando las transciones morfológicas que ciertas hipétesis implican (y de las cuales no habría quedado ninguna forma intermedia, fósil ni viviente), es decir, qué tanto nos estamos alejando de la historia morfológica más parsimoniosa.

Sanders dijo...
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Sanders dijo...

Lo del ayatola es obviamente un weveo, la verdad es que lo mejor que le podría haber pasado a los paleos y taxónomos es que surgiera una fuente completamente diferente de información para contrastar con las hipótesis. En general, se terminan confirmando mutuamente (a veces, tras ajustes en uno u el otro)

Los casos en que me transformo en ayatola son sólo aquellos donde me parece muy difícl que la información morfológica se reajuste. Son conclusiones robustas a las cuales llegaríamos aún sacando varios taxa del análisis.

Aún si asumimos que nos faltan muchísimos taxa fósiles, es difícil que cambien ciertas conclusiones como, por ejemplo, "los cetáceos son mamíferos".

Sanders dijo...

Aparentemente, los genomas mitocondriales indicarían que lampreas son más cercanas a gnathostomos que a myxines. Claro que los nucleares siguen "en contra"


J Genet Genomics. 2008 May;35(5):285-90.Links
Phylogenetic analysis of 48 gene families revealing relationships between Hagfishes, Lampreys, and Gnathostomata.
Yu S, Zhang W, Li L, Huang H, Ma F, Li Q.

Institute of Marine Genomics & Proteomics, Liaoning Normal University, Dalian 116029, China.

It has become clear that the extant vertebrates are divided into three major groups, that is, hagfishes, lampreys, and jawed vertebrates. Morphological and molecular studies, however, have resulted in conflicting views with regard to their interrelationships. To clarify the phylogenetic relationships between them, 48 orthologous protein-coding gene families were analyzed. Even as the analysis of 34 nuclear gene families supported the monophyly of cyclostomes, the analysis of 14 mitochondrial gene families suggested a closer relationship between lampreys and gnathostomes compared to hagfishes. Lampreys were sister group of gnathostomes. The results of this study supported the cyclostomes. Choice of outgroup, tree-making methods, and software may affect the phylogenetic prediction, which may have caused much debate over the subject. Development of new methods for tackling such problems is still necessary.

Sanders dijo...

Y este debate está sujeto al hecho, además, de que en el nodo siguiente, tenemos el "conflicto" de si tenemos a urocordados o cefalocordados. Curiosamente, en este segundo caso se repite que los datos mitocondriales (pero no los nucleares) apoyan la hipótesis morfológica

Chico dijo...

Sacaran el termo Pegasosferea de Pegasus? Es esto? Los morcelagos son cabalos alados? Quiza sea un rinoceronte alado. Algunos morcelagos posuem un "corno" en la nariz. En este caso seria Unicorniosfera.

Chico dijo...

Un preprint en Molecular Biology and Evolution nega la hipotese del caballo alado:

Confirming the Phylogeny of Mammals by Use of Large Comparative Sequence Datasets
Prasad et al.

Schwartz et al. (2003) found a single transposon insertion supporting the Perissodactyla-Carnivora association; meanwhile, Nishihara et al. (2006) found a single transposon insertion supporting a Perissodactyla-Carnivora association and five insertions supporting a Perissodactyla-Chiroptera-Carnivora (Pegasoferae, Nishihara et al. 2006) association (i.e., excluding the traditional Perissodactyla-Cetartiodactyla association of hoofed mammals that we see with our analyses). Of note, Nishihara et al. (2006) did also find one transposon insertion that conflicted with the Pegasoferae hypothesis. Even with the large number of characters analyzed here, we only found weak bootstrap support for the placement of Perissodactyla (Fig. 2), although it tended to associate closest with the Cetartiodactylans and secondarily with the Carnivores.

Chico dijo...

En la Pnas de hoy hay más funny science. Un weon afirma haber encontrado un gene del bipedalismo. Increible, un rasgo tan plastico y tan conductual. No entendo como pueden dicer esto.

Sanders dijo...

qué rápido ruedan las cabezas!